野生動物研究センターは、動物園・水族館と連携し、共同研究をはじめ、
環境教育や動物の福祉と保全を目的に、以下の内容を主に実践しています。
1．教員、研究者、スタッフ、学生等の相互交流
2．学術出版及び学術情報の交流
3．シンポジウム、セミナー、講演会等の共同開催
4．共同研究計画の推進
5．（動物飼育施設においては）飼育及び展示技術の向上
動物園・水族館との連携で得られた成果を一般の方々にも広く知っていただくため、
連携動物園・水族館と共同でシンポジウム「動物園大学」「水族館大学」を開催しています。
京都市動物園
京都市動物園は、最初に連携協定を締結した動物園です。締結以降、毎月連絡会議を行っています。
「生き物・学び・研究センター」の設置に伴い、当時、野生動物研究センターの准教授だった
田中正之がセンター長として着任。学術研究・環境教育を推進しています。
また、イベント「野生動物学のすすめ」を毎年4月に実施し、一般の方に「調査・研究」や、
野生での現状などをお伝えしています。
その他、京都市民の皆さまと協働で取り組みを進める「共汗で作る新京都市動物園構想」などにも
野生動物研究センターの教員が関わって連携を進めています。
名古屋市東山動植物園
2ヶ月に1回、連絡会議とワークショップを開催しています。
また、飼育・繁殖・展示技術の助言を含む学術的情報の提供。および改修構想における
飼育展示施設の建設への協力などを行なってきました。