大陸島として複雑な地史を有する日本列島には、独特の生態系が存在する。アカギツネ（Vulpes vulpes Linnaeus, 1758）は、高次の広食性捕食者として生態系全体の均衡の保持に寄与している。日本列島のアカギツネは、北海道に生息するキタキツネ（V. v. schrencki Kishida, 1924）と、本州、四国、九州に分布するホンドギツネ（V. v. japonica Gray, 1868）との二亜種に分類されているが、それらの進化的位置づけは明らかになっていなかった。

本研究では、全国の博物館、動物園、研究機関等の協力のもと、岩手県から宮崎県にかけてホンドギツネ97個体分の試料を非侵襲的に収集し、それらのミトコンドリアDNA上の遺伝子配列1510 bpを決定した。その後、先行研究において北海道や世界各地から蓄積されてきたデータベース上の配列と併せ、系統樹、系統の分岐年代、および個体数の動態などを推定した。

その結果、ホンドギツネの祖先は、約15万年前の最後から二番目の氷期における海面低下に伴い、対馬海峡に生じた陸橋を介して東アジアから古本州島へ移入し、その後の海面上昇によって現在まで隔離されて固有の集団へ進化したことが明らかになった。また、ホンドギツネの祖先は、移入後から約2万年前の最終氷期極相期にかけて、古本州島の東西で分布域を分断され、それぞれの集団が異なる系統へ進化したことが判明した。その後、東西の集団の個体数と分布域が急速に拡大し、現在に至っていると考えられる。

キタキツネに3つの遺伝子系統が含まれることは以前から知られていたが、それぞれのグループがいつ、どのように北海道へやってきたのかは不明であった。本研究では、キタキツネは、約12–1万年前の最終氷期において、間宮海峡および宗谷海峡、あるいは千島列島周辺に生じた陸橋や氷橋を介して移入したことが示唆された。3つの祖先集団は、最終氷期の前–中期に東アジア（Ia）および中央アジア（II）から、そして最終氷期の後期に東アジア（Ib）から、それぞれ移入したと考えられる。